基本上没有任何弊端。
在中国比较难办的事情就包括和有公权力的部门打交道。新手跑工商去注册公司，因为不知道流程和所需材料，需要跑多趟，耗费时间精力，同样工商也耗费精力。两边都累。
工商代办就是代理你办这些手续，他们清楚流程，和工商关系融洽，甚至他们办公的地点，就和工商在一个大楼中不同的楼层，或者就在旁边，马路对面。
当然每个行业里边都是鱼龙混杂，靠谱的工商代办，收钱办事，干净利索，后所有的证照（包括营业执照正本、副本原件、组织机构代码正本、副本原件、IC卡、税务登记证正本、副本原件、纳税申报通知单、原始入资单、公司章程、取照、代码、税务登记发票、验资报告、公司章程、公章（铜）、财务章（铜）、人名章、合同章（铜））凑齐了一并给你。（应该能想象出来自己办清了这些东西需要付出多少成本吧）
当然，如果碰上的是不靠谱的工商代办，办到一半，说你这个哪哪有问题，需要加多少多少钱。这种情况也不罕见。至于其他同学说的用自己的名义签了很多文件，估计也是不靠谱的代办干的事情。靠谱的代办没这个心情也没这个工夫。
某些情况下，工商代办比工商本身还要，工商内部是一个部门管一个部门的事，其他部门的事情不清楚。工商代办因为有经验，他们清楚工商里边所有部门的事情。
如果想自己体验一把和公权力部门打交道的辛酸苦辣，就自己办。如果想省事，就找工商代办。我觉得自己体验的话，路费、复印费、时间和精力折合的费用，不一定比找代办便宜。
我自己不是工商代办， 也是个准创业者，就事论事而已。欢迎拍砖。
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以上写于2012年3月2日：
现在是2013年2月17日：
一年已过，想就一年前的答案做一些补充。
“基本上没有任何弊端” 我想改为 “ 买的不如卖的精 多少有一点弊端”。
去年3月2日的时候，我正在注册公司的过程中，和代办的合作还算比较愉快。基本上是在6月份左右，所有的注册手续搞定。但是有这样几个问题：
1注册之前，明码标价，所有的他们需要代办的费用，给我明示出来，后是他们需要挣的，我认可。可是，后的结果是，某些区，需要验资报告，某些区不需要验资报告。海淀区就不需要验资报告。按理说你收了我验资报告的费用，在一个不需要验资报告就能完成注册过程的区。你应该退还我这部分费用。但是代办没有退还。我知道这个情况已经是很长时间以后了。
2 指定会计：我有一个很好的朋友是会计，愿意为我代理记账，当然我要付给朋友费用。但代办在办理税务相关手续的时候，指定了他的会计朋友为我代理记账。那张表格上所有的联系电话都是他的会计朋友的电话。这样，我相当于是被迫的雇用了他的会计朋友，我没有选择的余地。
3指定银行：代办是给我在建行开的公司户，后来才知道，建行的费用太高了，各种莫名其妙的费用，加起来有2000多，什么回单柜，电子银行，U盾(三个)，证书等等等等。 而后来我向朋友了解到，如果选其他的银行，费用很低甚至没有费用。 这个只能今年自己想办法把企业户挪到另外一个费用低的银行。
我现在的观点是‘买的不如卖的精’，代办在给我办利索这件事情的同时，会想尽一切办法从我这个小白身上挣钱。