部分基建项目的建设单位将项目的主要工作委托代建单位，或其独立核算的下属单位（工程具体实施单位）实施管理，项目的部分工作由建设单位自行组织管理。在这种情况下，建设单位未指定一家单位具体负责项目财务核算，而是由建设单位和代建单位（或工程具体实施单位）各自处理基建项目的业务经费账务核算，缺乏系统性和完整性；在竣工财务决算时，也由双方各自申报项目投资额，导致有些交叉工程投资额存在重复申报现象，加大了项目审计人员的工作难度和强度。
3.未按照基本建设会计制度的相关规定编制竣工财务决算报表。
部分基建项目未按照基本建设会计制度的相关规定编制竣工财务决算报表，编制，也大多按照单项工程（或工程费用）结算审核（批复）数，加上其他工程费用，编制简易报表，报表编制不够规范，报表数据的真实性和准确性也难以保证。
4.财务账面上各项目单项工程（或工程费用）投资额的确认时间不一致。
有些项目部分单项工程（或工程费用）在取得单项工程（或工程费用）结算审核批复文件后确认其投资额，有些项目部分单项工程（或工程费用）在取得发票等相关票据后确认其投资额，有些项目部分单项工程（或工程费用）则要在取得项目竣工财务决算审核批复文件后才确认其投资额。各项目单项工程（或工程费用）投资额在财务账面上的确认时间不一致，致使编报的基建投资统计数字不实，也增加了项目审计人员的工作难度。
