1、个人独资企业必须要有固定的生产经营场所和合法的企业名称，而个体工商户可以不使用字号名称，也可以没有固定的生产经营场所而流动经营。
2、个体工商户的投资者与经营者为同一人，必须是投资设立个体工商户的自然人。
个人独资企业的所有权与经营权可以分离，但是个体工商户的所有权与经营权是集于投资者一身的，已不能适应于现代企业制度发展的要求，所以它只能适用于小规模的经营主体。
3、个人独资企业可以设立分支机构，也可以委派他人作为个人独资企业分支机构负责人。
个人独资企业不但可以在登记管理机关辖区内设立分支机构，也可以在异地设立分支机构，由设立该分支机构的个人独资企业承担责任。而个体工商户根据规定不能设立分支机构。
4、个人独资企业与个体工商户的法律地位不同。
在民事、行政、经济法律制度中个人独资企业是其他组织或其他经济组织的一种形式，能以企业自身的名义进行法律活动。而个体工商户是否能够作为其它组织或其它经济组织的一种形式，一直是国内民法学家的争论对象。
5、个人独资企业与个体工商户在财务制度与税收政策上的要求不同。
根据《个人独资企业法》的规定,个人独资企业必须建立财务制度，以进行会计核算。而个体工商户由于情况复杂，是否要建立会计制度争论较多，在即将实施的新《会计法》中也只作了原则规定。税务部门认定一般纳税人和小规模纳税人的标准并不是以企业的市场主体地位不同而划分的。一般来说，个体工商户较难认定为一般纳税人，而个人独资企业如符合条件可以被认定为一般纳税人。如何把市场主体立法与税收立法有机地结合起来，是今后完善社会主义市场经济法律制度值得探讨的问题。
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个人独资企业：是指依照本法在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。
具体在注册一个规模较小的公司怎么选择？可以从行业规模、投资主体、民事责任、综合税率等方面来判断。
个人独资企业和一人有限公司的区别：
1、投资主体不同：
个人独资企业由一个自然人投资，指投资的主体是自然人 ，不能是法人，且一个自然人可以注册一个以上的个人独资企业。
一人有限责任公司，是指只有一个自然人股东或者一个法人股东的有限责任公司，投资主体可以自然人、也可以是法人，一个自然人只能成立一个一人责任有限公司。
2、民事责任承担方式不同：
个人独资企业的投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任，投资人在申请企业设立登记时明确以其家庭共有财产作为个人出资的，应当依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任。
一人有限责任公司的股东以认缴的出资额为限承担“有限责任”，仅在股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的情况下对公司债务承担连带责任。
举例来说，郎咸平教授和其情人繆晶同居时，给她成立了一家个人独资公司。郎教授和这家公司签了份合同，购买一批1600万的铜质佛像，然后向银行贷款900万作为首付款。两人闹翻之后，郎教授表示繆晶没有交货，向法院起诉赔钱。因为是个人独资企业，繆晶需要以个人的全部财产包括房子赔偿对方的货款。
所以在注册个人企业时，一定要考虑到所经营产品的价值和风险的大小，若是产品价值大，风险大，好选择一人有限公司，当公司遇到危机时，可以选择破产把损失减到小。还有，不要用自己的名字注册个人独资企业后，但是把经营权给他人使用，一旦对方图谋不轨或者经营不善，就会给自己带来巨大的损失。
3、个人所得税计算方法不同
个人独资企业不需要缴纳企业所得税，只需要缴纳个人所得税，比照个体工商户生产经营所得征收个人所得税。
一人有限责任公司按照税法规定，需要缴纳企业所得税，一般按照公司情况、行业和地区的政策不同征收范围按照年利润乘以5%-25%来结算。
这样，在选择注册公司的时候，如果所从事的行业因为各种原因能够得到进项发票过少，可能需要缴纳很多的企业所得税，那么个人独资企业是佳选择。
4、综合税率不同
因为个人独资企业不征收企业所得税，主要是增值税和个人所得税，所以从综合税率方面来说，个人独资企业的综合税率一般情况下小于一人有限公司的综合税率。
特别在增值税方面，有的经济园区会有增值税返税优惠，注册的时候要根据自己所从事的行业，问下特定经济园区在核定征收下增值税返税优惠政策，选择更优惠的经济园区。
个人独资企业，是一种介于一人独资有限责任公司和个体工商户之间的企业形态。个独具有灵活经营的特点和优惠的税收政策，越来越多的被企业主青睐和注册使用。由于个独比较特殊的企业性质，度不如有限责任公司和个体工商户，网络上的介绍文章财务性又都比较强，非财务背景的朋友经常分不清，也形成了一些认识“误区”。
问：个人独资企业一定是小规模纳税人吗？
个人独资企业本身是经营实体，在年营业额超过500万的时候，是可以申请成为一般纳税人的，也可以开具增值税专用发票，但是综合税率相应提高了。一般来讲，个人独资企业保持小规模的身份，可以更好地享受税收优惠政策。
问：个人独资企业能开专票吗？
可以。个人独资企业在小规模纳税人阶段可以开具3%的增值税专用发票，只是需要到税务大厅代开，不可以自己独立开具。成为一般纳税人后，也可以开具6%、10%、16%税率的增值税专用发票。
问：个人独资企业使用一段时间后必须注销吗？
正常经营的个人独资企业，只要是合规经营，并没有必须注销的规定。特别需要指出的是，按照核定征收方式征收个税的个人独资企业，在注销流程上简便快捷，清税特别简单，周期短、费用低。
问：个人独资企业成本票不够怎么办？
按照核定征收方式征收个税的个人独资企业，按月缴税即可，不需要再找成本发票，规避了找票的财务风险。20份股权协议+19道防火墙公司章程
问：个人独资企业如何将营业收入提现？
个人独资企业的收入归个人所有和控制，可以很方便地公转私，只需要按月报税缴税即可。在这一点上，个人独资企业比一人有限责任公司要方便很多，税负成本也低很多。
问：个人独资企业的政策会长期存在吗？
前文所述，个人独资企业作为一种企业形态，在很多国家都存在，而且历史悠久，有非常积极的社会经济价值。在我国，个人独资企业符合“大众创业、万众创新”的发展国策，可以更好地激活经济，丰富国民经济形态，促进就业。国家近期出台的一系列简化个人独资企业注册、注销手续，扩大税收优惠的政策，都给出了清晰的信号。目前全国每天新增的个人独资企业数量过万家，个人独资企业不仅会长期存在，而且会发展得越来越好。